里地里山の生態系は、森林や水田、ため池といった多様な環境が入り交じった複雑な環境で、農業・林業など、様々な人間の働きかけを通じて環境が形成されています。そのため、里地里山はわが国の多様な生物相を支える重要な役割を果たしているとともに、人間の生活・生産活動の場としても重要です。
　しかし、昭和30年以降、生活や農林業の近代化に伴い二次林や農地の手入れ・利用がなされなくなり、地域特有の多様な生物の生息・生育環境の質が低下しつつあります。

　モニタリングサイト1000では、全国18ヶ所のコアサイトと約170ヶ所の一般サイトで、市民を主体とした調査を行っております。長期間に渡りモニタリングを継続するコアサイトでは、植物相、鳥類、水環境、中・大型ほ乳類、カヤネズミ、カエル類、チョウ類、ホタル類、人為的インパクト（相関植生図）の９つの調査のうちなるべく多くの調査を継続して行うこととしており、５年に１度サイトを更新する一般サイトでは、９つの調査のうち少なくとも１つ以上の調査を行うこととしています。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（環境省の生物多様性ｾﾝﾀｰのサイトより引用）